Vid ett sammanträde den 3 oktober 1883 på grosshandlare Erik Appelbergs kontor beslöts att bilda Malmö Roddklubb, att bygga ett båthus och köpa båtar. Formellt stiftades klubben den 22 november 1883. En av initiativtagarna var Lorents Beijer som också blev klubbens första ordförande.

I våra skrifter berättar de äldsta medlemmarna att de deltagit i rodd i Malmö flera år innan klubben bildades. Roddveteranen konsul Carl J. Appeltofft lärde sig enligt egen uppgift att ro i Malmö innan han deltog i stiftandet av Landskrona Roddklubb 30 maj 1883.

Våren 1943 invigdes nuvarande båthuset vid Slussplan.

Klubbens roddare har vunnit 29 SM och deltagit i två olympiader. I Stockholm 1912 hade klubben tre roddare i laget för inriggad fyra som tog silver och fem roddare i åttan. Vid OS i Atlanta 1996 deltog Henrik Nilsson i en scullerfyra som slutade 6:a i finalen.

Under 60-talet minskade verksamheten betydligt och kring 1970 tillfrågades medlemmarna om klubben skulle läggas ner. Några medlemmar som varit verksamma på 50-talet och tidigare klev då fram och en nystart inleddes som under 70-talet gjorde Malmö Roddklubb, på juniorsidan, till en av de större i landet. Medlemsmatrikeln upptog under en tid drygt 400 medlemmar. Under slutet av 1980- och början av 1990-talet övergick juniorverksamheten i satsningar på elitnivå och juniorverksamheten kom i skymundan.

Under 1990-talet startade en ny fas i klubben historia då studentverksamheten växte sig stark. 1992 bildades Lunds Universitets Roddklubb (LURK) på initiativ av Ian Nicholls och några andra Malmöroddare som studerade i Lund. Syftet var att möta Uppsala Universitet i en årlig kapprodd, med engelsk förebild. Vid flera universitet och högskolor i landet startades under 90-talet roddverksamheter. Därigenom har studentrodden inom Malmö Roddklubb fått bredare fokus än just en tävling mellan två universitet. Studentrodden är idag en viktig inkörsport för nya medlemmar till klubben.

Under 1990-talet anordnades på initiativ av Curt Christensson roddverksamhet för Malmös gymnasieskolor. Detta utmynnade i kapprodd mellan skolorna och nya medlemmar till klubben. Denna verksamhetsform har återkommit genom åren. Redan 1902 erbjöds ungdomar vid stadens skolor reducerad medlemsavgift i klubben och årlig kapprodd anordnades mellan skolorna.

Under många år krävdes för att bli medlem i klubben rekommendation av två medlemmar. Idag är klubben öppen för alla och klubbens stadgar följer Riksidrottsförbundets rekommenderade normalstadgar. Klubben är medlem i Svenska Roddförbundet.